【심급】
2심
【세목】
취득세
【주문】
1. 원고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 원고가 부담한다.
【이유】

▣청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다.피고가2020. 10. 19.원고에 대하여 부과한 취득세265,345,140원,지방교육세14,100,540원,농어촌특별세17,653,560원의 부과처분을 취소한다.
▣이 유

1.제1심판결의 인용

원고가 항소이유로 내세운 주장들 중에서‘①이 사건 건축물 취득이 구 지방세법 제10조 제5항 제3호(판결문·법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득)에 해당한다는 주장,②이 사건 건축물 취득은 구 법인세법 제52조 제1항의 부당행위계산의 부인 대상이 되는 특수관계인 사이에서 이루어진 거래에 해당하지 않는다는 주장,③원고의 신고가액이 구 지방세법 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에도 신고·납부 불성실 가산세를 부과하는 것은 부당하다는 주장’부분은 제1심에서 주장한 바와 크게 다르지 않고,제1심에 제출된 증거에다가 이 법원에 제출된 증거를 보태어 원고의 주장과 함께 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 모두 정당한 것으로 수긍할 수 있다.
이에 이 법원의 판결이유는,원고가 이 법원에서 추가한 주장(이 사건 건축물 취득에 구 지방세법 제10조 제6항이 적용되어야 한다는 주장)에 대하여 아래2.항과 같이 판단하는 부분을 추가하고,제1심판결의 별지를 이 판결의 별지로 교체하는 것 이외에는 제1심판결의 이유 부분 기재와 같으므로,행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조 본문에 의하여 약어와 별지를 포함하여 인용한다.
2.추가 판단

가.원고의 주장 요지

구 지방세법 제10조 제6항은 특수관계인 간 부당행위계산의 경우 그 적용을 배제하는 내용이 없으므로,원고와 이 사건 시공법인이 특수관계인 사이에 있다고 하더라도 이 사건 건축물의 신축에 관하여 구 지방세법 제10조 제6항에 의하여 법인장부에 따라 그 취득가격이 증명되는 경우에는 시가표준액 보다 낮은 사실상의 취득가격을 과세표준으로 해야 한다.
나.판단

1)구 지방세법 제10조 제6항은 법인이 아닌 자가 건축물을 건축하거나 대수선하여 취득하는 경우로서 취득가격 중100분의90을 넘는 가격이 법인장부에 따라 입증되는 경우에는 같은 조 제2항 단서,제3항 및 제5항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 취득가격을 과세표준으로 한다고 규정하고 있다.여기서‘취득가격이 법인장부에 따라 입증되는 경우’라 함은,객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 그 취득가액을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것이지,법인의 장부가액이 사실상의 취득가격에 부합되는지 여부에 관계없이 무조건 법인의 장부가액을 취득세와 등록세의 과세표준으로 하여야 한다는 것이 아니다(대법원1993. 4. 27.선고92누15895판결의 취지 참조).
2)앞서 든 증거에 더하여,갑 제6내지9호증,을 제7내지9, 11호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들,즉①이 사건 시공법인은 원고로부터 이 사건 건축물의 공사대금 명목으로 합계10,450,000,000원을 지급받았으면서도,위 건축물의 공사기간 중인2015. 7.경부터2017. 7.경까지 사이에 원고에게 합계8,450,000,500원을‘반환’또는‘대표자일시가지급(법인)’등의 명목으로 지급한 점,②원고는 이 사건 건축물의 건축설계 및 건축감리를 담당했던 청건축사사무소에 대하여 건축설계비와 건축감리비 명목으로 합계269,115,000원을 지급하였다는 취지로 주장하나(갑 제6내지9호증),이 사건 건축물의 공사기간 중에 원고 명의의 은행계좌에서 청건축사사무소 명의로 이체되거나 송금된 내역은 합계346,115,500원에 달하여 원고의 위 주장 금액과 일치하지 않는 점,③원고가 제출한 이 사건 건축물의 취득세 신고서(을 제1호증)에는‘전력시설물의 공사감리 용역 변경 계약서(13/89면),소방공사 감리계약서(15/89면)’가 첨부되어 있는데,건축주인 원고가 위와 같은 전력시설물공사와 소방공사에 소요되는 비용은 부담하지 않은 채 공사감리에 해당하는 비용만 지급하고 이 부분에 한하여 건물의 취득가격에 포함시키는 것은 공사신축계약 및 그 취득가격 산정에 있어 이례적인 사정에 속하는 점 등에 비추어 보면,원고가 이 사건 건축물의 취득가액으로 신고한9,668,573,000원을 사실상의 취득가격으로 인정할 수 있는지 의문이 드는데다가,그중100분의90을 넘는 가격이 법인장부에 따라 입증되는 경우에 해당한다고 볼 수도 없다.
3)따라서 이와 다른 전제에 서 있는 원고의 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.
3.결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하여야 한다.제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로,원고의 항소는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
별지

관계 법령

■구 지방세법(2021. 12. 28.법률 제18655호로 개정되기 전의 것)

제4조(부동산 등의 시가표준액)

①이 법에서 적용하는 토지 및 주택에 대한 시가표준액은「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 공시된 가액(價額)으로 한다.다만,개별공시지가 또는 개별주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다.이하 같다)이 같은 법에 따라 국토교통부장관이 제공한 토지가격비준표 또는 주택가격비준표를 사용하여 산정한 가액으로 하고,공동주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 대통령령으로 정하는 기준에 따라 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장이 산정한 가액으로 한다.
②제1항 외의 건축물(새로 건축하여 건축 당시 개별주택가격 또는 공동주택가격이 공시되지 아니한 주택으로서 토지부분을 제외한 건축물을 포함한다),선박,항공기 및 그 밖의 과세대상에 대한 시가표준액은 거래가격,수입가격,신축ㆍ건조ㆍ제조가격 등을 고려하여 정한 기준가격에 종류,구조,용도,경과연수 등 과세대상별 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기준에 따라 지방자치단체의 장이 결정한 가액으로 한다.
제10조(과세표준)

①취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다.다만,연부(연부)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며,취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다.이하 이 절에서 같다)으로 한다.
②제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다.다만,신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
③건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박,차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다.이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
⑤다음 각 호의 취득(증여ㆍ기부,그 밖의 무상취득 및「소득세법」제101조 제1항 또는「법인세법」제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득은 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다.
1.국가,지방자치단체 또는 지방자치단체조합으로부터의 취득

2.외국으로부터의 수입에 의한 취득

3.판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득

4.공매방법에 의한 취득

5.「부동산 거래신고 등에 관한 법률」제3조에 따른 신고서를 제출하여 같은 법 제5조에 따라 검증이 이루어진 취득

⑥법인이 아닌 자가 건축물을 건축하거나 대수선하여 취득하는 경우로서 취득가격 중100분의90을 넘는 가격이 법인장부에 따라 입증되는 경우에는 제2항 단서,제3항 및 제5항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 취득가격을 과세표준으로 한다.
■구 지방세법 시행령(2021. 12. 31.대통령령 제32293호로 개정되기 전의 것)

제18조(취득가격의 범위 등)

③법 제10조 제5항 제3호에서"대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호에서 정하는 것을 말한다.
1.판결문:민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해·포기·인낙 또는 자백간주에 의한 것은 제외한다)

2.법인장부:금융회사의 금융거래 내역 또는「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」제6조에 따른 감정평가서 등 객관적 증거서류에 의하여 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서.다만,법인장부의 기재사항 중 중고자동차 또는 중고기계장비의 취득가액이 법 제4조 제2항에서 정하는 시가표준액보다 낮은 경우에는 그 취득 가액 부분(중고자동차 또는 중고기계장비가 천재지변,화재,교통사고 등으로 그 가액이 시가표준액보다 하락한 것으로 시장·군수·구청장이 인정한 경우는 제외한다)은 객관적 증거서류에 의하여 취득가액이 증명되는 법인장부에서 제외한다.
④부동산을 취득할 수 있는 권리를 타인으로부터 이전받은 자가 법 제10조제5항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 부동산을 취득하는 경우로서 해당 부동산 취득을 위하여 지출하였거나 지출할 금액의 합(이하 이 항에서"실제 지출금액"이라 한다)이 분양ㆍ공급가격(분양자 또는 공급자와 최초로 분양계약 또는 공급계약을 체결한 자 간 약정한 분양가격 또는 공급가격을 말한다)보다 낮은 경우에는 부동산 취득자의 실제 지출금액을 기준으로 제1항 및 제2항에 따라 산정한 취득가액을 과세표준으로 한다.다만,「소득세법」제101조제1항 또는「법인세법」제2조제12호에 따른 특수관계인과의 거래로 인한 취득인 경우에는 그러하지 아니하다.
⑤법 제10조제6항에서"대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 취득가격"이란 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 말한다.
1.제3항제2호에 따른 법인장부로 증명된 금액

2.제3항제2호에 따른 법인장부로 증명되지 아니하는 금액 중「소득세법」제163조에 따른 계산서 또는「부가가치세법」제32조에 따른 세금계산서로 증명된 금액

3.부동산을 취득하는 경우「주택도시기금법」제8조에 따라 매입한 국민주택채권을 해당 부동산의 취득 이전에 양도함으로써 발생하는 매각차손.이 경우 금융회사등 외의 자에게 양도한 경우에는 동일한 날에 금융회사등에 양도하였을 경우 발생하는 매각차손을 한도로 한다.
제20조(취득의 시기 등)

②유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다.
1.법 제10조제5항제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

2.제1호에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일부터60일이 경과한 날을 말한다).다만,해당 취득물건을 등기ㆍ등록하지 아니하고 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 서류에 의하여 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다.
가.화해조서ㆍ인낙조서(해당 조서에서 취득일부터60일 이내에 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우만 해당한다)

나.공정증서(공증인이 인증한 사서증서를 포함하되,취득일부터60일 이내에 공증받은 것만 해당한다)

다.행정안전부령으로 정하는 계약해제신고서(취득일부터60일 이내에 제출된 것만 해당한다)

라.부동산 거래신고 관련 법령에 따른 부동산거래계약 해제등 신고서(취득일부터60일 이내에 등록관청에 제출한 경우만 해당한다)

■구 부동산 거래신고 등에 관한 법률(2019. 8. 20.법률 제16494호로 개정되기 전의 것)

제3조(부동산 거래의 신고)

①거래당사자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 계약을 체결한 경우 그 실제 거래가격 등 대통령령으로 정하는 사항을 거래계약의 체결일부터60일 이내에 그 권리의 대상인 부동산등(권리에 관한 계약의 경우에는 그 권리의 대상인 부동산을 말한다)의 소재지를 관할하는 시장(구가 설치되지 아니한 시의 시장 및 특별자치시장과 특별자치도 행정시의 시장을 말한다)·군수 또는 구청장(이하"신고관청"이라 한다)에게 공동으로 신고하여야 한다.다만,거래당사자 중 일방이 국가,지방자치단체,대통령령으로 정하는 자의 경우(이하"국가등"이라 한다)에는 국가등이 신고를 하여야 한다.
1.부동산의 매매계약

2.「택지개발촉진법」,「주택법」등 대통령령으로 정하는 법률에 따른 부동산에 대한 공급계약

3.다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 지위의 매매계약

가.제2호에 따른 계약을 통하여 부동산을 공급받는 자로 선정된 지위

나.「도시 및 주거환경정비법」제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제29조에 따른 사업시행계획인가로 취득한 입주자로 선정된 지위

■구 법인세법(2018. 12. 24.법률 제16008호로 개정되기 전의 것)

제52조(부당행위계산의 부인)

①납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하"특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하"부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
②제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며,이하 이 조에서"시가"라 한다)을 기준으로 한다.
④제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定)등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
■구 법인세법 시행령(2018. 2. 13.대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것)

제50조(업무와 관련이 없는 지출)

②제1항 제1호 및 제2호에서"소액주주등"이란 발행주식총수 또는 출자총액의100분의1에 미달하는 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등(해당 법인의 국가,지방자치단체가 아닌 지배주주등의 특수관계인인 자는 제외하며,이하"소액주주등"이라 한다)을 말한다.
제87조(특수관계인의 범위)

①법 제52조 제1항에서"대통령령으로 정하는 특수관계인"이란 법인과 다음 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자(이하"특수관계인"이라 한다)를 말한다.이 경우 본인도「국세기본법」제2조 제20호 각 목 외의 부분 후단에 따라 특수관계인의 특수관계인으로 본다.
2.주주등(소액주주등을 제외한다.이하 이 관에서 같다)과 그 친족

제88조(부당행위계산의 유형 등)

①법 제52조 제1항에서"조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
6.금전,그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우.다만,다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
가.제20조 제1조 제3호 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 금전을 제공하는 경우

나.주주등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다)및 사용인에게 사택(기획재정부령으로 정하는 임차사택을 포함한다)을 제공하는 경우

③제1조 제1호·제3호·제6호·제7호 및 제9호(제1조 제1호·제3호·제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이3억원 이상이거나 시가의100분의5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다.
제89조(시가의 범위 등)

①법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.
②법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.
1.「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이2이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액).다만,주식등을 제외한다.
2.「상속세 및 증여세법」제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3,제61조부터 제66조까지의 규정 및「조세특례제한법」제101조를 준용하여 평가한 가액.이 경우「상속세 및 증여세법」제63조 제1조 제1호나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며,「상속세 및 증여세법」제63조 제2조 제1호ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때“직전6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는3개월로 한다)”은 각각“직전6개월”로 본다.
④제88조 제1조 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다)또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.
1.유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의100분의50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

2.건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며,이하 이 호에서“원가”라 한다)과 원가에 당해 사업연도 중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액

<끝>