【원 고】 주식회사 ○○○ (소송대리인 변호사 전대규)
【피 고】 서울특별시 강남구청장 (소송대리인 법무법인(유한) 한별 담당변호사 안시은)
【변론종결】2024. 6. 14.
【주 문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】 피고가 2023. 4. 12. 원고에 대하여 한 등록면허세 58,104,780원, 지방교육세 11,620,950원의 부과처분을 취소한다.
【이 유】 1. 처분의 경위
가. 원고는 2018. 7. 25. 서울회생법원 2018회합100113 사건에서 회생절차개시결정을 받았고, 2019. 3. 12. 회생계획인가결정을 받았다.
나. 원고는 2019. 3. 13. 인가된 회생계획에 따라 기존채무 4,842,065,000원을 968,413주로 출자전환(이하 ‘이 사건 출자전환’이라 한다)하고, 2019. 3. 14. 이 사건 출자전환으로 신주발행된 위 주식은 모두 소각하였다.
다. 서울회생법원은 이 사건 출자전환에 따른 신주발행에 관한 등기를 직권으로 촉탁하였고, 2019. 4. 25. 그에 따른 자본증가의 등기가 마쳐졌으며, 2019. 9. 24. 원고에 대한 회생절차를 종결하였다.
라. 피고는 2023. 4. 12. 원고에게 이 사건 출자전환에 따른 등기와 관련된 자본금증가 4,842,065,000원을 과세대상으로 하여 등록면허세 58,104,780원, 지방교육세 11,620,950원의 부과처분을 하였다(최초 위 부과처분에 무신고 및 납부불성실가산세 36,182,520원도 부과되었으나 조세심판절차에서 가산세는 취소되었으므로, 감액되지 않고 남은 위 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
구 채무자 회생 및 파산에 관한 법률(2024. 2. 13. 법률 제20264호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 채무자회생법’이라 한다) 제25조 제4항, 제1항, 제23조 제1항 제4호(이하 위 조항들을 통틀어 ‘이 사건 쟁점조항’이라 한다)는 법인인 채무자의 유상증자에 따른 등기에 관하여는 등록면허세를 면제하고 있고, 구 지방세법(2023. 12. 29. 법률 제19860호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제26조 제2항 제1호 본문은 ‘회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기 또는 등록’을 비과세 대상으로 규정하고, 단서는 출자전환에 따른 등기는 비과세 대상에서 제외하고 있어(이하 위 단서를 ‘이 사건 단서 규정’이라 한다) 서로 충돌하고 있다.
이와 같은 경우 회생절차에서 출자전환에 따른 등기의 비과세에 관한 채무자회생법의 이 사건 쟁점조항과 구 지방세법의 이 사건 단서 규정의 문언과 취지, 회생절차의 특수성, 비과세와 면제의 차이, 입법경과 등을 고려할 때, 회생절차에서 출자전환을 하면서 법원사무관등이 등기를 촉탁한 경우에는 채무자회생법이 특별법으로서 우선 적용된다고 보아야 하므로, 피고의 이 사건 처분은 취소되어야 한다.
나. 관계 법령
별지 관계 법령 기재와 같다.
다. 판단
앞서 든 증거에 을 제1 내지 3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 출자전환에 따른 등기에 대한 등록면허세 과세 여부는 구 지방세법 제26조 제2항 제1호에 따라 판단되어야 하며, 이 사건 쟁점조항은 면제의 근거가 될 수 없어 결국 원고의 주장은 이유 없다.
① 지방세특례제한법 제3조 제1항은 이 법, 지방세기본법, 지방세징수법, 지방세법, 조세특례제한법 및 조약에 따르지 아니하고는 지방세법에서 정한 일반과세에 대한 지방세 특례를 정할 수 없다고 규정(이하 ‘이 사건 특례제한 규정’이라 한다)하고 있으므로, 이 사건 쟁점조항은 지방세인 등록면허세의 면제 근거가 될 수 없다.
② 이 사건 특례제한 규정은 구 지방세특례제한법이 2010. 3. 31. 법률 제10220호로 제정되면서 처음 도입되었는데, 지방세특례제한법 부칙(법률 제10220호, 2010. 3. 31.) 제3조는 일반적 경과조치로 이 법 시행 전에 종전의 지방세법의 규정에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하면서도, 지방세법 이외의 다른 법에 따라 지방세가 감면되는 경우에 관하여는 경과조치를 규정하고 있지 않다. 따라서 입법자의 의사는 지방세특례제한법을 제정하면서 기존에 지방세법 이외의 다른 법에 규정되어 있던 지방세 감면 규정을 폐지하고자 하였던 것으로 보인다. 그렇다면 지방세특례제한법의 제정에 의하여 이 사건 쟁점조항은 더 이상 지방세인 등록면허세의 면제 근거가 될 수 없다고 해석하는 것이 입법자의 의사에 부합한다.
③ 회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기에 대한 등록면허세 비과세는, 구 지방세법이 1976. 12. 31. 법률 제2950호로 개정되면서 도입된 이래 현행 지방세법에 이르기까지 규정되어 있다(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전에는 제128조 제4항에서, 개정된 이후에는 제26조 제2항 제1호에서 규정). 그러나 2005. 3. 31. 법률 제7428호로 폐지된 회사정리법에서는 회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기에 대한 등록면허세 비과세를 규정하고 있지 않았으며, 채무자회생법이 2005. 3. 31. 법률 제7428호로 제정되면서 비로소 회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기에 대한 등록면허세 비과세가 규정되었다(제25조 제4항). 이와 같은 연혁에 비추어 보면, 회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기에 대한 등록면허세 비과세 여부는 지방세법에 의하여 규율되어 왔으며, 채무자회생법 제25조 제4항은 지방세법의 비과세 조항을 주의적으로 규정한 것으로 보인다.
④ 만약 지방세법 제26조 제2항 제1호가 법원의 촉탁으로 인한 등기 또는 등록 일반에 대한 규정이고 이 사건 쟁점조항은 ‘회사의 정리 또는 특별청산에 관한’ 법원의 촉탁으로 인한 등기 또는 등록에 대한 규정이라면 이 사건 쟁점조항이 지방세법 제26조 제2항 제1호에 대한 특별법이라고 볼 여지가 있을 것이다. 그러나 지방세법 제26조 제2항 제1호와 이 사건 쟁점조항은 모두 ‘회사의 정리 또는 특별청산에 관한’ 법원의 촉탁으로 인한 등기 또는 등록의 과세여부에 대하여 규정하고 있으므로, 이사건 쟁점조항이 지방세법 제26조 제2항 제1호에 대한 특별법이라고 볼 수 없다.
⑤ 개별적·구체적 사건에서 회생계획에 따라 기존 채권자들의 채권을 출자전환한 다음 이를 소각하는 경우가 있다고 하더라도, 일반적으로 채무자회생법이 출자전환으로 발행된 주식을 반드시 소각하는 것으로 예정하고 있지 않은 이상, 출자전환에 따른 등기를 비과세 대상으로 규정하여야 할 필연적인 이유는 없다.
3. 결 론
원고의 청구는 이유 없어 기각한다.

판사 김영민