【원고, 항소인】 주식회사 ○○○ (소송대리인 법무법인 뿌리깊은나무 담당변호사 김영삼)
【피고, 피항소인】 제주세무서장
【제1심판결】 제주지방법원 2024. 9. 10. 선고 2024구합5210 판결
【변론종결】2024. 12. 4.
【주 문】
1. 제1심판결 중 납부고지처분취소 청구 부분을 취소한다.
2. 피고가 2023. 7. 31. 원고에게 한 주식회사 △△△에 대한 749,391,070원의 납부고지처분을 취소한다.
3. 소송 총비용 중 1/5은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【청구취지 및 항소취지】 1. 청구취지
피고가 2023. 7. 31. 원고에게 한 주식회사 △△△에 대한 2차 납세의무자 지정 및 749,391,070원의 납부고지처분을 취소한다.
2. 항소취지
주문과 같다(제1심은 원고의 2차 납세의무자 지정처분의 취소 청구 부분에 관한 소를 각하하고, 납부고지처분의 취소 청구를 기각하였는데, 원고는 그중 청구 기각 부분에 대해서만 항소하였다).
【이 유】 1. 제1심판결의 인용
이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 아래와 같이 고쳐 쓰는 외에는 제1심판결의 이유와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
○ 제1심판결 4쪽 16행의 "결정결정"을 "경정결정"으로 고쳐 쓴다.
○ 제1심판결 4쪽 19행부터 7쪽 21행까지를 아래와 같이 고쳐 쓴다.
"⑴ 국세기본법 제39조 제2호는 법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우, 그 국세의 납세의무 성립일 현재 소유주식이 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 주주(이하 ‘과점주주’라 한다)에게 그 부족한 금액에 대한 제2차 납세의무를 지도록 규정하고 있다.
위 규정의 취지는 회사의 경영을 사실상 지배하는 실질적인 운영자인 과점주주는 회사의 수익은 자신에게 귀속시키고 그 손실은 회사에 떠넘김으로써 회사의 법인격을 악용하여 이를 형해화시킬 우려가 크므로 이를 방지하여 실질적인 조세평등을 이루려는 데 있다(헌법재판소 1997. 6. 26. 선고 93헌바49 등 전원재판부 결정 참조).
이와 같은 과점주주의 제2차 납세의무는 사법상 주주 유한책임의 원칙에 대한 중대한 예외로서 본래의 납세의무자가 아닌 제3자에게 보충적인 납세의무를 부과하는 것이기 때문에 그 적용 요건을 엄격하게 해석하여야 한다(대법원 2019. 5. 16. 선고 2018두36110 판결 등 참조).
한편, 국세기본법 제21조 제1항은 "국세를 납부할 의무는 이 법 및 세법에서 정하는 과세요건이 충족되면 성립한다."라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항 제1호 본문은 법인세의 경우 과세기간이 끝나는 때, 즉 법인의 각 사업연도 종료일(법인세법 제4조 제1항 제1호 참조)을 그 국세를 납부할 의무의 성립시기로 규정하고 있다. 그러므로 법인의 주주에게 법인세에 대한 과점주주로서의 제2차 납세의무가 성립하는지 여부는 특별한 사정이 없는 이상 당해 법인세에 대한 사업연도의 종료일을 기준으로 판정하여야 한다.
⑵ 원고가 체납법인의 지분 100%를 보유하고 있는 사실은 앞서 본 바와 같다. 그러나 이를 비롯한 앞서 본 처분의 경위 등 인정사실에 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 납부고지처분은 체납법인의 ‘2019사업연도 법인세’에 대한 제2차 납세의무에 따른 것인 점, ② 위 법인세 납세의무의 성립일인 체납법인의 2019사업연도 말일은 2019. 12. 31.이므로, 원고에게 실제로 위 체납 법인세에 대한 제2차 납세의무가 성립하는지 여부는 이때를 기준으로 판정하여야 하는 점(피고의 2019사업연도 법인세 경정·고지일인 2023. 4. 3.은 국세기본법 제22조 제2항 단서에 따른 법인세 납세의무의 확정일로서 그 성립일과 다르다), ③ 그런데 원고는 2019. 12. 31. 당시 서울회생법원의 2019. 3. 18. 자 2019회합100028호 회생개시결정으로 인한 회생절차에 있었고, 그로 인해 체납법인에 대하여 그 보유주식에 기하여 경영상의 영향력을 행사할 수 없었던 것으로 보이는 점(갑 제4호증의 기재에 의하더라도 원고가 아닌 그 관리인이 법원의 허가를 받아 체납법인의 임시 주주총회를 소집하고 그 주주총회에서 의결권을 행사하였음이 확인된다 ) 등을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원고가 체납법인의 지분 100%를 보유하고 있었다는 사실 및 피고가 제출하는 증거만으로는 원고가 체납법인의 2019사업연도 법인세에 대하여 제2차 납세의무를 지는 ‘과점주주’에 해당한다고 인정할 수 없고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.
⑶ 결국 원고가 체납법인의 2019사업연도 법인세에 대하여 국세기본법 제39조 제2호에 따른 제2차 납세의무를 진다고 할 수 없으므로, 피고가 이와 다른 전제에서 원고에게 한 이 사건 납부고지처분은 위법하여 취소되어야 한다."
○ 제1심판결 9쪽 아래에서 2행 다음에 아래의 내용을 추가한다.
"제4조(과세소득의 범위)
① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.
1. 각 사업연도의 소득
2. 청산소득(淸算所得)
3. 제552조의2에 따른 토지등 양도소득"
2. 결론
이 사건 소 중 2차 납세의무자 지정처분취소 청구 부분은 부적법하여 이를 각하하고, 원고의 이 사건 납부고지처분취소 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 한다. 제1심판결 중 이 사건 납부고지처분취소 청구 부분은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 이를 취소하고, 이 사건 납부고지처분을 취소한다.

판사 이재신(재판장) 송주희 강민수